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Le cours donne un aperçu général de la biodiversité des microorganismes procaryotes et eucaryotes microscopiques dans la biosphère, discute la structure, la fonction et la régulation des communautés microbiennes dans les principales catégories d'habitat, et explorer le rôle des microorganismes dans le fonctionnement des écosystèmes et dans les cycles biogéochimiques des différents milieux de vie. Les virus et prions sont aussi étudiés comme agents infectieux acellulaires. Le cours introduit l'importance des macromolécules informationnelles et fonctionnelles dans l'environnement (ADN, RNA, protéines), et présente des approches de pointe ("-omiques") basées sur le séquençage de l'ADN et des protéines pour l'identification et la caractérisation des microorganismes. Ce cours explore aussi des microorganismes pathogènes pour les animaux et l'être humain. Le cours explore également l'utilité des microorganismes dans des milieux industriels, alimentaires, sanitaires et environnementaux. Ce cours comprend des travaux pratiques permettant de cultiver et caractériser les microorganismes.